Felipe
II descalifica a la princesa de Éboli con frases como “la hembra es el fermento de todo”, siendo encerrada en
la torre de Pinto en penosas condiciones, para posteriormente ser trasladada a Santorcaz
y finalmente a su propio palacio de Pastrana en 1581. Ana era Grande de España
y tenía el tratamiento de “prima del rey”, y
los nobles de su nivel siempre intercedieron para que tuviera un trato más
adecuado.

En el año 1582, Felipe II despoja a Ana de la
custodia de sus hijos y de la administración de sus bienes. Cabe destacar que
Felipe II a pesar del trato que daba a Ana siempre cuido y protegió a los hijos
de ésta.

Desde
su reclusión en el palacio de Pastrana, Ana se dirige en numerosas ocasiones al
Rey, donde le llamaba “primo” y le
solicita que la proteja como caballero. Sin embargo, Felipe siempre se refería
a ella de forma despectiva como “la hembra”. Ana se
interesa por sus hijos Diego y Ruy pero apenas por su heredero Rodrigo.